История продолжается спустя некоторое время после событий Heroes of Might and Magic V.

Королева Изабель вернулась в свою империю, но народ шепчется об изменившейся правительнице, совсем не той, что отправилась в Шиог. Фрейда, дочь Годрика, отправляется подавлять «мятежников», как их называет королева Изабель. Ей поручено найти юного принца Андрея, и поиски приводят ее в гномье царство Тор-Хралл. Там Ласло, союзник Фрейды, нападает на гномов, пока сама Фрейда ведет переговоры на совете. Однако благодаря доброте Вульфстана Фрейду отпускают. С этого момента Фрейда перестает сражаться за свою королеву. Узнав о похищении отца, она заручается поддержкой Дункана, который помогает ей найти судно для безопасного возвращения в империю.

Нападение на Тор-Хралл не проходит для гномов бесследно. У Вульфстана и его брата Рольфа расходятся взгляды: Рольф примыкает к Королеве, а Вульфстан ведет собственную борьбу. Эта междоусобица приводит к тому, что Вульфстану приходится сражаться со многими сородичами, но, осознав свои ошибки, многие из них переходят на его сторону. В итоге влияние Вульфстана среди гномов крепнет. В конце концов Вульфстан объединяется со своим другом Дунканом, и вместе они организуют отвлекающий маневр, чтобы обеспечить безопасное путешествие Фрейды. Город Тор-Хралл теперь отвоеван во имя Вульфстана. Вскоре после этого Ласло погибает.

Илайя, Хранительница Закона, получает поручение от Дочери Малассы выяснить, какие ритуалы практикует клан Шрамов Души, не чтущий саму Малассу. Когда Илайю обнаруживают, она бежит и отправляется на поиски того, кто отсутствовал многие месяцы — Рэлага. Она находит его вместе с Изабель и понимает: эта Изабель — настоящая, а королева на самом деле — суккуб Биара, которой уже не раз удавалось избежать расплаты. Заключив союз с Черными Драконами, Илайя наносит серьезный удар по клану Шрамов Души, и таким образом кланы Темных Эльфов могут временно обрести мир. Пока длится этот мир, у Илайи и Рэлага становится на одного врага меньше. Перед решающей битвой Рэлаг отделяется от группы, чтобы выполнить некую задачу, которая должна помочь в войне. Илайя, Фрейда, Дункан, Вульфстан и Изабель встречаются и объединяют свои силы, чтобы раз и навсегда отвоевать Тор-Хралл. В ходе битвы погибает король Толгар, а имперские войска отступают. После кульминационного сражения выясняется, что архиепископ Аларик по-прежнему служит Биаре. Рэлага замечают беседующим с Тиеру о чем-то на востоке, и предполагается, что это прямая отсылка к оркам, представленным в дополнении «Племена Востока».