В игре представлено шесть фракций: Пристанище, Инферно, Некрополь, Темница, Лесной Союз и Академия.

Кампания Пристанища

Фракция Пристанища населена людьми и управляется религиозными военачальниками. Священная Империя Грифона провозглашает “Закон и Порядок”, а также веру в Эльрата, Дракона Света, своими высшими идеалами. Благодаря своей давней военной традиции, они обладают способностью обучать и повышать в звании своих солдат, улучшая их от одного уровня к другому. Именно они являются главными действующими лицами в основной кампании игры. Их главные герои – молодая Королева Изабель и верный Годрик, дядя короля и главнокомандующий Империи Грифона.

Неожиданное вторжение демонов прерывает свадьбу короля Николая из Империи Грифона и леди Изабель, и вскоре силы Империи Грифона оказываются в состоянии войны с демонами Шиога. Пока Николай отправляется на фронт, Изабель вместе с аббатисой Беатрис отправляются в Летний Дворец, где их охраняет Годрик, дядя короля. Изабель убеждает Годрика позволить ей принять участие в войне, а не просто ждать. Годрик должен отправиться в Серебряные Города за помощью к Архимагу Сайрусу, в то время как Беатрис направится в Ироллан, чтобы заручиться поддержкой Короля Эльфов Аларона. В конце концов, Изабель собирает армию, но когда Беатрис возвращается, чтобы повести её навстречу эльфийским подкреплениям, выясняется, что Беатрис на самом деле – Биара: суккуб и приспешница демонического лорда Агрела. (На самом деле, Биара убила настоящую Беатрис и приняла её облик, как только узнала, что Николай отправил Изабель в летний дворец.) Очевидно, она и не думала посещать короля Аларона, а встреча была ловушкой Агрела, который захватывает Изабель в плен. Изабель удаётся сбежать от Агрела с помощью Годрика (которому не удалось заручиться поддержкой Сайруса, но он всё же вернулся сам), однако они слишком поздно, чтобы помешать Агрелу убить Николая. Тот, на последнем издыхании, провозглашает Изабель королевой вместо себя.

Кампания Инферно

Инферно – это тёмное царство демонов из Подземелья, известного как Шиог. Эта фракция использует “Врата” – способность призывать дополнительные, хоть и временные, подкрепления прямо на поле боя. Обустроив своё инфернальное жилище на выжженных лавовых землях, демоны являются главными антагонистами игры, ведомыми Ургашем, Драконом Хаоса, и их злым владыкой, Демоном-Сувереном Ха-Белетом. Они становятся главными действующими лицами второго акта кампании, где ими руководит амбициозный и безжалостный Агрел.

Хотя Николай и мёртв, Агрел провалил свою миссию по захвату Изабель и теперь пытается скрыться от гнева Ха-Белета, Демона-Суверена, а также от ярости Годрика. Намереваясь свергнуть Ха-Белета, он решает захватить Сердце Грифона, которое Николай использовал в их битве, но Демон-Суверен посылает одного из своих слуг, Вейера. Когда Агрел достигает мавзолея и побеждает Вейера, его встречает таинственное эльфийское привидение – Тиеру, который раскрывает, что Демон-Суверен пытается призвать апокалиптического Демонического Мессию. Тиеру наставляет Агрела встретиться с ним на Островах Драконьего Тумана, куда можно добраться только через эльфийские земли Ироллана. После долгого похода и сражений с эльфами Агрел наконец встречается с Тиеру, который рассказывает ему о Войне Затмения, во время которой Ха-Белет был изгнан, а также о связи Демонического Мессии с Изабель. Агрел признаётся, что усомнился в планах Ха-Белета, потому что влюбился в Изабель, и Тиеру сообщает ему, что он должен быть очищен от демонической скверны посредством Ритуала Истинной Природы. Агрел соглашается, и во время ритуала Биара пытается украсть Сердце, но её отбрасывает обратно в Шиог.

Кампания Некрополя

Когда-то тайный культ, процветавший в тёмных уголках Империи и Серебряных Городов, фракция Некрополя обосновалась в Хереше и управляется порочными чародеями, которые поклоняются искажённой паучьей версии Аши, Дракона Порядка, стремясь обрести вечный покой и красоту в смерти, которых им было отказано в жизни. Они способны использовать тёмную магию некромантии, чтобы оживлять павших врагов и пополнять свои ряды шествующими мертвецами. Герой кампании Некрополя – проницательный и хитрый Маркал.

Тем временем, в Империи Грифона, положение Изабель как королевы оспаривается архиепископом Рэндаллом и другими местными лордами, которые начинают гражданскую войну. Появляется таинственный некромант Маркал и помогает Изабель в её борьбе против повстанцев. Маркал оказывается бывшим советником матери Николая, королевы Фионы, и предлагает Изабель помочь воскресить её мёртвого мужа с помощью Одежды Вампира. Хотя Изабель доверяет ему и помогает собрать её части, Годрик менее доверчив, предупреждая Изабель, что Маркал был изгнан много лет назад за свою некромантию и предательство. Изабель игнорирует его, и пока она и Маркал собирают артефакты, она разрушает бывшие союзы с Эльфами и Чародеями, чей лидер, Сайрус, убит Маркалом ради одного из артефактов. Когда Годрик больше не может этого выносить, он забирает последний артефакт и баррикадируется в городе Чародеев Хикме. Маркал в ответ похищает его дочь Фрейду в качестве шантажа, а затем побеждает Годрика, который оказывается в заточении. Изабель и Маркал затем начинают свой поход к Залу Героев.

Кампания Темницы

Происходящие из подземной империи Игг-Чалл, тёмные эльфы фракции Темницы – это группа падших эльфов, чьё общество построено вокруг веры в Малассу, Дракона Тьмы, секретности, интриг и предательства. Когда-то они были частью фракции Лесного Союза, но стали ренегатами, заключив пакт с таинственными Безликими (на самом деле их ложно обвинили в сожжении Бриттиги и смерти короля Арниэля, и им пришлось обратиться к Малассе ради выживания). Они овладели способностью Неотразимой Магии, которая делала их заклинания настолько мощными, что даже те, кто обладал сильнейшим сопротивлением магии, имели мало шансов устоять. Герой кампании тёмных эльфов – Раэлаг, таинственный и амбициозный колдун.

В тёмноэльфийской нации Игг-Чалл, клан Теневого Клейма проводит турнир, чтобы выбрать своего нового лидера. Неизвестный колдун, Раэлаг (который является преображённым Агрелом, обратите внимание, что «Раэлаг» — это анаграмма «Агрела»), участвует и побеждает, становясь Лордом Клана, и теперь стремится объединить кланы в единое государство. С помощью другой колдуньи, Шадьи, он ассимилирует остальные кланы, за исключением клана Шрамов Души, который, как выясняется, находится в союзе с демонами. Затем Раэлаг обнаруживает, что Демон-Суверен отправил Вейера, чтобы захватить королеву Изабель. Прибыв на окраины Шиога, Раэлаг разгоняет Вейера и просит Изабель следовать за ним к Тиеру, где она сможет быть очищена от влияния Суверена. Маркал, однако, убеждает её в обратном, и они продолжают путь к Залу Героев.

Кампания Лесного Союза

Духом напоминающая старую фракцию Оплота из HoMM III, фракция Лесного Союза на этот раз более явно эльфийская, обитающая в эльфийском королевстве Ироллан, которое, как говорят, благословлено Силанной, Драконом Земли. Их герои сосредоточены на стрельбе из лука, как и их существа, которые могут добивать врагов, не вступая с ними в ближний бой. Их расовое умение дает всей армии бонусы при сражении с определенными врагами, которых они уже убивали ранее. Они являются противоположностью Темницы. Герой кампании Лесного Союза – Финнан, дипломат и решительный воин.

Когда Николай воскрешен, Изабель с ужасом осознает, что заклинание прокляло его душу, превратив его в вампира. Потрясенная этим открытием, она ломается, и Маркал пользуется случаем, чтобы объявить себя правителем Империи Грифона.

Когда эльфийский король Аларон принимает беженцев Грифона, силы Маркала начинают совершать набеги на Ироллан, и дипломат Финнан отправляется, чтобы остановить эти набеги. Позже ему поручают найти Изумрудных Драконов, чтобы переломить ход битвы с Нежитью, но он возвращается и обнаруживает, что Сирис Талла, столица, осаждена. Аларон погибает в осаде, но говорит Финнану искать Тиеру. Защитив столицу, Финнан отправляется на Острова Драконьего Тумана, но опаздывает, чтобы помешать Биаре убить Тиеру, хотя дух последнего рассказывает Финнану о плане Ха-Белефа: Демонический Владыка наложил на Изабель метку, чтобы она родила Демонического Мессию. Он также поручает Финнану забрать свиток у Биары, который, если его использует могущественный маг, сможет остановить Ха-Белефа. Единственным таким магом мог быть Зехир, сын Сайруса.

Преследуя Биару и забрав свиток, Финнан возвращается в Ироллан, где эльфы теперь на грани победы, но теперь сталкиваются с ужасным врагом в лице Николая, который теперь является Лордом-Вампиром. С помощью Фениксов или уничтожив всех Призрачных Драконов, Финнан «приносит рассвет» и упокаивает Николая. Затем он отправляется на поиски Зехира.

Кампания Академии

Фракция Академии – это город, в котором доминируют волшебники и магические существа со времен ее дебюта во второй игре серии. Мало что изменилось, кроме ее местоположения: она переместилась из заснеженных гор города Башни в Heroes of Might and Magic III в яркую пустынную местность, ближе к первоначальному замку Волшебника, теперь наполненную ближневосточными нарядами. Большинство ее героев сосредоточены на магии, а их армия состоит в основном из стрелков и летающих существ. Их Дракон – Сар-Элам, также известный как Седьмой Дракон и самый первый волшебник, обладавший такой силой, что он стал Драконом и помог изгнать злобного Ургаша, Дракона Хаоса. Герой кампании Академии – юный и дерзкий Зехир, сын покойного Архимага Сайруса и новый Архимаг Серебряных Городов.

Когда Серебряные Города были разрушены вторжением Маркала, новый Архимаг Зехир стремится освободить нацию Волшебников от власти некромантов и отомстить за своего отца, Сайруса. Быстро он собирает свои войска и отбивает Серебряные Города, прежде чем заключить союз с Финнаном и Годриком. Трио удается победить Маркала и сжечь его тело, чтобы он не смог вернуться в виде лича. Полные решимости избавить Изабель от демонического влияния, они заключают союз с Рэлагом и Шадьей и успешно добираются до Изабель, готовясь провести Ритуал Истинной Природы.

Однако Шадья затем раскрывает себя как Биара, скрывавшаяся под маскировкой, и захватывает Изабель, прежде чем сбежать в Шиог, где ждет Владыка Демонов. Герои также отправляются туда, и в эпической битве они побеждают Владыку Демонов, который сбегает вместе с Биарой. Освободив Изабель, они затем возвращаются в свои страны.

Пока Годрик и Изабель осматривают разрушения на своей родине, глаза Изабель загораются красным, что намекает на то, что демоны Шиога еще не совсем побеждены.