Под конец жизненного цикла платформы была выпущена бюджетная версия консоли, получившая в Северной Америке название New-Style Super NES (модель SNS-101), а в Японии — Super Famicom Jr. Разработанная Барром, она сочетает в себе элементы дизайна как оригинальных североамериканских, так и японских/европейских моделей консоли, но при этом выполнена в более компактном корпусе. В отличие от оригинальных моделей, эта переработанная версия практически идентична в обоих регионах, если не считать различий в цветовой гамме.

Существовала отельная версия Super Famicom. Для неё выпускались специальные картриджи, несовместимые с играми, предназначенными для стандартной консоли.