Изначально дизайнеры C64 планировали, что в течение года после выпуска компьютер получит новый, клиновидный корпус, но этого так и не произошло. В 1986 году Commodore выпустила компьютер 64C, который функционально был идентичен оригиналу. Его внешний дизайн был переработан в более изящном стиле Commodore 128. В 64C использовались новые версии чипов SID, VIC-II и контроллеров ввода-вывода. У моделей с платой C64E графические символы были нанесены на верхнюю часть клавиш, а не на их лицевую сторону, как обычно. Звуковой чип (SID) был заменён на MOS 8580, при этом напряжение ядра снизилось с 12В до 9В. Наиболее значительные изменения коснулись работы фильтров и регулятора громкости, что привело к тому, что некоторые музыкальные композиции и звуковые эффекты звучали иначе, чем задумывалось, а оцифрованный звук стал почти неслышимым, соответственно (хотя оба этих недостатка по большей части можно было исправить программно). Объём оперативной памяти в 64 КБ был реализован на двух чипах вместо восьми. BASIC и KERNAL были объединены с двух отдельных чипов в один ПЗУ объемом 16 КБ. Чип PLA и некоторые микросхемы ТТЛ-логики были интегрированы в одну 64-контактную микросхему в корпусе DIL. В версии PLA “252535-01” в тот же чип была интегрирована и память цвета (color RAM). Уменьшение физического пространства сделало невозможным установку некоторых внутренних расширений, таких как ускорители дисководов. В США 64C часто поставлялся в комплекте со сторонней операционной системой GEOS с графическим интерфейсом пользователя (GUI), а также программным обеспечением, необходимым для доступа к сервису Quantum Link. Дисковод 1541 получил соответствующее обновление внешнего вида, что привело к появлению модели 1541C. Позже была представлена более компактная и изящная модель 1541-II, а также 3,5-дюймовый дисковод для микродискет 1581 объемом 800 КБ.