Игра начинается с того, что Гарретт продолжает свою жизнь в качестве вора. Однако его предает собственный скупщик, и после одного из первых заданий на него устраивают засаду. Гарретт понимает, что его выслеживает местный шериф — Труарт. Хранители приводят Гарретта, чтобы он услышал пророчество о «Металлическом веке», которое тот игнорирует. Когда Гарретт уходит, один из Хранителей сообщает ему, что Труарта наняли для убийства Гарретта. Он передает ему письмо, которое указывает, где можно подслушать встречу Механистов. Там Гарретт слышит, как Труарт и Отец Каррас обсуждают превращение бездомных в безмозглых «Слуг», носящих маски, которые выпускают красный пар, способный разъедать ржавчиной их самих и людей поблизости. Труарт обещает Каррасу двадцать жертв для проекта «Слуга», не подозревая, что Каррас записывает его слова для шантажа. Гарретт крадет эту запись из банковской ячейки, чтобы заставить Труарта раскрыть имя своего нанимателя.

Однако Гарретт находит Труарта убитым в его поместье. Улики с места преступления приводят его к слежке за полицейским лейтенантом Мосли. Гарретт видит, как Мосли передает подозрительное письмо, которое через портал уносит раненый язычник. Гарретт проникает в портал и оказывается за пределами Города. Он идет по кровавому следу язычника и находит Викторию, которая убеждает его присоединиться к ней в борьбе против Механистов. По наводке Виктории он проникает в кабинет Карраса, чтобы разузнать о «Проекте Цетус», и случайно обнаруживает, что Каррас отдает Слуг знатным горожанам. Гарретт отправляется на базу Механистов, чтобы больше узнать о «Цетусе», который оказывается подводной лодкой. Чтобы найти и похитить высокопоставленного Механиста по имени Брат Кавадор, Гарретт пробирается на борт этого судна.

Доставив Кавадора Виктории, Гарретт крадет маску Слуги, чтобы изучить технологию Механистов, известную как «Культиватор». Тем временем Каррас прячется в кафедральном соборе Механистов, готовясь к своему плану. Гарретт и Виктория выясняют, что именно Культиваторы внутри масок Слуг испускают тот самый красный пар, или «газ ржавчины». Каррас отдал Слуг аристократам с садами, чтобы запустить цепную апокалиптическую реакцию. Виктория планирует заманить Слуг в герметично закрытый собор Механистов до того, как Каррас активирует их маски, но Гарретт считает это слишком рискованным и уходит. Виктория отправляется в собор одна и погибает, заражая его растениями, а Гарретт завершает ее план, убивая Карраса в облаке ржавого газа. После этого к Гарретту подходит Хранитель и объясняет, что и схема Карраса, и смерть Виктории были предсказаны. Игра заканчивается тем, что Гарретт требует от Хранителя рассказать ему остаток пророчеств.