Сюжет пересказывает события первых трёх игр, но уже в новой временной линии. В ней Рэйден получает послание от самого себя из будущего, где Битва Армагеддона уже состоялась, а Шао Кан стал верховным правителем всех миров. Благодаря такому повороту сюжета, представленные персонажи и сценарии являются классическими, что позволяет по-новому взглянуть на знакомые элементы и запустить совершенно новый конфликт.