Изначально Team Ninja была подразделением компании Tecmo, основанным Томонобу Итагаки под названием Tecmo Creative #3. Команда была создана для конкуренции с серией Virtua Fighter от Sega и начала свою деятельность с разработки игр серии Dead or Alive.

В 1999 году подразделение было переименовано в Team Ninja и приступило к созданию перезапуска серии Ninja Gaiden. Сегодня студия наиболее известна по франшизам Ninja Gaiden и Dead or Alive, а также по своим динамичным экшен-играм. Кроме того, Team Ninja неоднократно работала над проектами по сторонним лицензиям и известным сериям, включая Metroid: Other M, Marvel Ultimate Alliance 3 и Stranger of Paradise: Final Fantasy Origin.